{rfName}
Ex

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Altmetrics

Compartir

30 d’octubre de 2024
Publicacions
>
Article

Exploring transposable element-based markers to identify allelic variations underlying agronomic traits in rice

Publicat a: PLANT COMMUNICATIONS. 3 (3): 100270- - 2022-05-09 3(3), DOI: 10.1016/j.xplc.2021.100270

Autors:

Yan, HD; Haak, DC; Li, S; Huang, LK; Bombarely, A
[+]

Afiliacions

Sichuan Agr Univ, Anim Sci & Technol Coll, Dept Grassland Sci - Autor o coautor
UPV CSIC, Inst Biol Mol & Celular Plantas IBMCP - Autor o coautor
Virginia Tech, Grad Program Genet Bioinformat & Computat Biol GB - Autor o coautor
Virginia Tech, Sch Plant & Environm Sci - Autor o coautor
Veure més

Resum

Transposable elements (TEs) are a major force in the production of new alleles during domestication; nevertheless, their use in association studies has been limited because of their complexity. We have developed a TE genotyping pipeline (TEmarker) and applied it to whole-genome genome-wide association study (GWAS) data from 176 Oryza sativa subsp. japonica accessions to identify genetic elements associated with specific agronomic traits. TE markers recovered a large proportion (69%) of single-nucleotide polymorphism (SNP)-based GWAS peaks, and these TE peaks retained ca. 25% of the SNPs. The use of TEs in GWASs may reduce false positives associated with linkage disequilibrium (LD) among SNP markers. A genome scan revealed positive selection on TEs associated with agronomic traits. We found several cases of insertion and deletion variants that potentially resulted from the direct action of TEs, including an allele of LOC_Os11g08410 associated with plant height and panicle length traits. Together, these findings reveal the utility of TE markers for connecting genotype to phenotype and suggest a potential role for TEs in influencing phenotypic variations in rice that impact agronomic traits.
[+]

Paraules clau

Agronomic traitAlleleAllelesDiversityDna transposable elementsGeneGeneticsGenome-wide associationGenome-wide association studyGwasIdentificationMarkerMutationOryzaPhenotypeRiceSensitivityToolTransposable elementTransposon

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista PLANT COMMUNICATIONS a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2022, es trobava a la posició 8/239, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Plant Sciences. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 1.44. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 13 Nov 2025)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 1.98 (font consultada: FECYT Mar 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2026-04-05, el següent nombre de cites:

  • WoS: 17
  • Scopus: 18
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-05:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 31.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 31 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 11.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 19 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: China; United States of America.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Últim Autor (Bombarely, A).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat Bombarely, A.

[+]