{rfName}
SA

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Altmetrics

Grant support

This work was supported by the Agencia Estatal de Investigacion (AEI) (co-supported by FEDER - EU) (Grant PID2022-1393930B-I00 to GG), the CSIC PTI Salud Global (grant SGL2021-03-040 to G.R.) through the NextGenerationEU Fund (regulation 2020/2094) and the Regional Government of Valencia (grant GVA-COVID19/2021/036 to G.R.). J.C.S. and A.G.H.A. are recipients of a pre-doctoral contract from the Generalitat Valenciana (CIACIF-2021-279 and ACIF-2021-202). The central tRNA structure shown in Fig. 4 is adapted from the original figure "The tRNA cloverleaf general" by Yikrazuul under a Creative Commons license (C.C. BY 3.0).

Anàlisi d'autories institucional

Cebria-Mendoza, MariaAutor o coautor

Compartir

1 defebrer de 2025
Publicacions
>
Article

SARS-CoV-2 remodels the landscape of small non-coding RNAs with infection time and symptom severity

Publicat a:Npj Syst Biol Appl. 10 (1): 41- - 2024-04-17 10(1), DOI: 10.1038/s41540-024-00367-z

Autors: Corell-Sierra, Julia; Marquez-Molins, Joan; Marques, Maria-Carmen; Hernandez-Azurdia, Andrea Gabriela; Montagud-Martinez, Roser; Cebria-Mendoza, Maria; Cuevas, Jose M; Albert, Eliseo; Navarro, David; Rodrigo, Guillermo; Gomez, Gustavo

Afiliacions

Clin Univ Hosp, INCLIVA Biomed Res Inst, Microbiol Serv, Valencia 46010, Spain - Autor o coautor
Linnean Ctr Plant Biol, Uppsala, Sweden - Autor o coautor
Swedish Univ Agr Sci, Uppsala Bioctr, Dept Plant Biol, Uppsala, Sweden - Autor o coautor
Univ Valencia, CSIC, Inst Integrat Syst Biol I2SysBio, Paterna 46980, Spain - Autor o coautor
Univ Valencia, Sch Med, Dept Microbiol, Valencia 46010, Spain - Autor o coautor
Veure més

Resum

The COVID-19 pandemic caused by the coronavirus SARS-CoV-2 has significantly impacted global health, stressing the necessity of basic understanding of the host response to this viral infection. In this study, we investigated how SARS-CoV-2 remodels the landscape of small non-coding RNAs (sncRNA) from a large collection of nasopharyngeal swab samples taken at various time points from patients with distinct symptom severity. High-throughput RNA sequencing analysis revealed a global alteration of the sncRNA landscape, with abundance peaks related to species of 21-23 and 32-33 nucleotides. Host-derived sncRNAs, including microRNAs (miRNAs), transfer RNA-derived small RNAs (tsRNAs), and small nucleolar RNA-derived small RNAs (sdRNAs) exhibited significant differential expression in infected patients compared to controls. Importantly, miRNA expression was predominantly down-regulated in response to SARS-CoV-2 infection, especially in patients with severe symptoms. Furthermore, we identified specific tsRNAs derived from Glu- and Gly-tRNAs as major altered elements upon infection, with 5' tRNA halves being the most abundant species and suggesting their potential as biomarkers for viral presence and disease severity prediction. Additionally, down-regulation of C/D-box sdRNAs and altered expression of tinyRNAs (tyRNAs) were observed in infected patients. These findings provide valuable insights into the host sncRNA response to SARS-CoV-2 infection and may contribute to the development of further diagnostic and therapeutic strategies in the clinic.

Paraules clau

Covid-19DatabaseGeneHumansIdentificationMicrornasPandemicsResourceRna, small untranslatedSars-cov-2

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Npj Syst Biol Appl a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2024 encara no hi ha indicis calculats, però el 2023, es trobava a la posició 12/66, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Mathematical & Computational Biology.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2025-07-09:

  • WoS: 2
  • Europe PMC: 2

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-09:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 7.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 9 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 10.35.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 24 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Sweden.