{rfName}
PD

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

211

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Torres, Jose SalavertAutor o coautor

Compartir

2 defebrer de 2025
Publicacions
>
Article
Sí

PDBe: improved accessibility of macromolecular structure data from PDB and EMDB

Publicat a: NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 44 (D1): D385-D395 - 2016-01-04 44(D1), DOI: 10.1093/nar/gkv1047

Autors:

Velankar, Sameer; van Ginkel, Glen; Alhroub, Younes; Battle, Gary M; Berrisford, John M; Conroy, Matthew J; Dana, Jose M; Gore, Swanand P; Gutmanas, Aleksandras; Haslam, Pauline; Hendrickx, Pieter M S; Lagerstedt, Ingvar; Mir, Saqib; Montecelo, Manuel A Fernandez; Mukhopadhyay, Abhik; Oldfield, Thomas J; Patwardhan, Ardan; Sanz-Garcia, Eduardo; Sen, Sanchayita; Slowley, Robert A; Wainwright, Michael E; Deshpande, Mandar S; Iudin, Andrii; Sahni, Gaurav; Torres, Jose Salavert; Hirshberg, Miriam; Mak, Lora; Nadzirin, Nurul; Armstrong, David R; Clark, Alice R; Smart, Oliver S; Korir, Paul K; Kleywegt, Gerard J
[+]

Afiliacions

European Bioinformat Inst EMBL EBI, European Mol Biol Lab, Prot Data Bank Europe, Wellcome Genome Campus, Cambridge CB10 1SD, England - Autor o coautor

Resum

The Protein Data Bank in Europe (http://pdbe.org) accepts and annotates depositions of macromolecular structure data in the PDB and EMDB archives and enriches, integrates and disseminates structural information in a variety of ways. The PDBe website has been redesigned based on an analysis of user requirements, and now offers intuitive access to improved and value-added macromolecular structure information. Unique value-added information includes lists of reviews and research articles that cite or mention PDB entries as well as access to figures and legends from full-text open-access publications that describe PDB entries. A powerful new query system not only shows all the PDB entries that match a given query, but also shows the 'best structures' for a given macromolecule, ligand complex or sequence family using data-quality information from the wwPDB validation reports. A PDBe RESTful API has been developed to provide unified access to macromolecular structure data available in the PDB and EMDB archives as well as value-added annotations, e. g. regarding structure quality and upto-date cross-reference information from the SIFTS resource. Taken together, these new developments facilitate unified access to macromolecular structure data in an intuitive way for non-expert users and support expert users in analysing macromolecular structure data.
[+]

Paraules clau

AlignmenDatabases, proteinInternetMicroscopy, electronModels, molecularMolecular-structureProtein conformationProtein data-bankResourceUser-computer interfaceValidationVisualization

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista NUCLEIC ACIDS RESEARCH a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2016, es trobava a la posició 14/290, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Biochemistry & Molecular Biology.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 3.02. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 13 Nov 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2026-04-02, el següent nombre de cites:

  • WoS: 115
  • Europe PMC: 96
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-02:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 92.

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 8.
  • El nombre de mencions a la xarxa social Facebook: 2 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 14 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: United Kingdom.

[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

The Wellcome Trust [88944, 104948]; UK Biotechnology and Biological Sciences Research Council [BB/J007471/1, BB/K016970/1, BB/M013146/1, BB/M011674/1]; National Institutes of Health [GM079429]; UK Medical Research Council [MR/L007835/1]; European Union [284209]; CCP4; European Molecular Biology Laboratory (EMBL). Funding for open access charge: The Wellcome Trust.
[+]