{rfName}
A

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Altmetrics

Compartir

28 d’octubre de 2024
Publicacions
>
Article

A multi-omic Nicotiana benthamiana resource for fundamental research and biotechnology

Publicat a: Nature Plants. 9 (9): 1558-1571 - 2023-08-10 9(9), DOI: 10.1038/s41477-023-01489-8

Autors:

Ranawaka; B; An; J; Lorenc; MT; Jung; H; Sulli; M; Aprea; G; Roden; S; Llaca; V; Hayashi; S; Asadyar; L; LeBlanc; Z; Ahmed; Z; Naim; F; de Campos; SB; Cooper; T; de Felippes; FF; Dong; P; Zhong; S; García-Carpintero; V; Orzaez; D; Dudley; KJ; Bombarely; A; Bally; J; Winefield; C; Giuliano; G; Waterhouse; P
[+]

Afiliacions

ARC Ctr Excellence Plant Success Nat & Agr, Brisbane - Autor o coautor
Casaccia Res Ctr, Italian Natl Agcy New Technol, Energy & Sustainable Econ Dev ENEA - Autor o coautor
Chinese Univ Hong Kong, Sch Life Sci, State Key Lab Agrobiotechnol - Autor o coautor
Corteva Agrisci, Genom Technol - Autor o coautor
Curtin Univ, Ctr Crop & Dis Management, Sch Mol & Life Sci, Bentley - Autor o coautor
Lincoln Univ, Dept Wine Food & Mol Biosci - Autor o coautor
Queensland Univ Technol QUT, Ctr Agr & Bioecon, Brisbane - Autor o coautor
Queensland Univ Technol QUT, QUT Cent Analyt Res Facil, Brisbane - Autor o coautor
Univ Milan - Autor o coautor
Univ Politecn Valencia, CSIC, Inst Biol Mol & Celular Plantas IBMCP - Autor o coautor
Univ Queensland, Ctr Anim Sci, Queensland Alliance Agr & Food Innovat QAAFI, Brisbane - Autor o coautor
Veure més

Resum

Nicotiana benthamiana is an invaluable model plant and biotechnology platform with a similar to 3 Gb allotetraploid genome. To further improve its usefulness and versatility, we have produced high-quality chromosome-level genome assemblies, coupled with transcriptome, epigenome, microRNA and transposable element datasets, for the ubiquitously used LAB strain and a related wild accession, QLD. In addition, single nucleotide polymorphism maps have been produced for a further two laboratory strains and four wild accessions. Despite the loss of five chromosomes from the ancestral tetraploid, expansion of intergenic regions, widespread segmental allopolyploidy, advanced diploidization and evidence of recent bursts of Copia pseudovirus (Copia) mobility not seen in other Nicotiana genomes, the two subgenomes of N. benthamiana show large regions of synteny across the Solanaceae. LAB and QLD have many genetic, metabolic and phenotypic differences, including disparate RNA interference responses, but are highly interfertile and amenable to genome editing and both transient and stable transformation. The LAB/QLD combination has the potential to be as useful as the Columbia-0/Landsberg errecta partnership, utilized from the early pioneering days of Arabidopsis genomics to today.
[+]

Paraules clau

AccurateArabidopsisBiotechnologyEvolutionGeneticsGenome sequenceGenome, plantGenomicsIdentificationMultiomicsPlant genomePlant genomesProvides insightsRead alignmentRecombinationSyntenyTobaccoTransposable elementsWeb server

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Nature Plants a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2023, es trobava a la posició 4/265, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Plant Sciences. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Aquesta publicació ha estat distingida com a “Highly Cited Paper” segons les agències WoS (ESI, Clarivate) i ESI (Clarivate), el que significa que se situa dins del 1% superior dels articles més citats en el seu camp temàtic durant l'any de la seva publicació. En termes de l'impacte observat de l'aportació, aquest treball és considerat com un dels més influents a nivell mundial, en ser considerat com a altament citat. (font consultada: ESI 13 Nov 2025)

I així ho demostren els altíssims impactes normalitzats a través d'alguns dels principals indicadors d'aquest tipus, i que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, ja apunten a estar molt per sobre de la mitjana en diferents agències:

  • Normalització de cites relatives a la taxa de citació esperada (ESI) de l'agència Clarivate: 13.28 (font consultada: ESI 13 Nov 2025)
  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 12.5 (font consultada: FECYT Mar 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2026-04-06, el següent nombre de cites:

  • WoS: 64
  • Scopus: 65
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-06:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 113.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 113 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 102.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 125 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a mitjans de comunicació: 4 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Australia; China; Hong Kong; Italy; New Zealand; United States of America.

[+]