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28 de octubre de 2024
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Artículo

A multi-omic Nicotiana benthamiana resource for fundamental research and biotechnology

Publicado en: Nature Plants. 9 (9): 1558-1571 - 2023-08-10 9(9), DOI: 10.1038/s41477-023-01489-8

Autores:

Ranawaka; B; An; J; Lorenc; MT; Jung; H; Sulli; M; Aprea; G; Roden; S; Llaca; V; Hayashi; S; Asadyar; L; LeBlanc; Z; Ahmed; Z; Naim; F; de Campos; SB; Cooper; T; de Felippes; FF; Dong; P; Zhong; S; García-Carpintero; V; Orzaez; D; Dudley; KJ; Bombarely; A; Bally; J; Winefield; C; Giuliano; G; Waterhouse; P
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Afiliaciones

ARC Ctr Excellence Plant Success Nat & Agr, Brisbane - Autor o Coautor
Casaccia Res Ctr, Italian Natl Agcy New Technol, Energy & Sustainable Econ Dev ENEA - Autor o Coautor
Chinese Univ Hong Kong, Sch Life Sci, State Key Lab Agrobiotechnol - Autor o Coautor
Corteva Agrisci, Genom Technol - Autor o Coautor
Curtin Univ, Ctr Crop & Dis Management, Sch Mol & Life Sci, Bentley - Autor o Coautor
Lincoln Univ, Dept Wine Food & Mol Biosci - Autor o Coautor
Queensland Univ Technol QUT, Ctr Agr & Bioecon, Brisbane - Autor o Coautor
Queensland Univ Technol QUT, QUT Cent Analyt Res Facil, Brisbane - Autor o Coautor
Univ Milan - Autor o Coautor
Univ Politecn Valencia, CSIC, Inst Biol Mol & Celular Plantas IBMCP - Autor o Coautor
Univ Queensland, Ctr Anim Sci, Queensland Alliance Agr & Food Innovat QAAFI, Brisbane - Autor o Coautor
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Resumen

Nicotiana benthamiana is an invaluable model plant and biotechnology platform with a similar to 3 Gb allotetraploid genome. To further improve its usefulness and versatility, we have produced high-quality chromosome-level genome assemblies, coupled with transcriptome, epigenome, microRNA and transposable element datasets, for the ubiquitously used LAB strain and a related wild accession, QLD. In addition, single nucleotide polymorphism maps have been produced for a further two laboratory strains and four wild accessions. Despite the loss of five chromosomes from the ancestral tetraploid, expansion of intergenic regions, widespread segmental allopolyploidy, advanced diploidization and evidence of recent bursts of Copia pseudovirus (Copia) mobility not seen in other Nicotiana genomes, the two subgenomes of N. benthamiana show large regions of synteny across the Solanaceae. LAB and QLD have many genetic, metabolic and phenotypic differences, including disparate RNA interference responses, but are highly interfertile and amenable to genome editing and both transient and stable transformation. The LAB/QLD combination has the potential to be as useful as the Columbia-0/Landsberg errecta partnership, utilized from the early pioneering days of Arabidopsis genomics to today.
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Palabras clave

AccurateArabidopsisBiotechnologyEvolutionGeneticsGenome sequenceGenome, plantGenomicsIdentificationMultiomicsPlant genomePlant genomesProvides insightsRead alignmentRecombinationSyntenyTobaccoTransposable elementsWeb server

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Nature Plants debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 4/265, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Plant Sciences. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Esta publicación ha sido distinguida como “Highly Cited Paper” según las agencias WoS (ESI, Clarivate) y ESI (Clarivate), lo que significa que se sitúa dentro del 1% superior de los artículos más citados en su campo temático durante el año de su publicación. En términos del impacto observado de la aportación, este trabajo es considerado como uno de los más influyentes a nivel mundial, al ser considerado como altamente citado. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

Y así lo demuestran los altísimos impactos normalizados a través de algunos de los principales indicadores de este tipo, y que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, ya apuntan a estar muy por encima de la media en diferentes agencias:

  • Normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada (ESI) de la agencia Clarivate: 13.28 (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)
  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 12.5 (fuente consultada: FECYT Mar 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2026-04-02, el siguiente número de citas:

  • WoS: 64
  • Scopus: 65
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-02:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 113.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 113 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 102.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 125 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 4 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Australia; China; Hong Kong; Italy; New Zealand; United States of America.

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