{rfName}
Mu

Indexat a

Llicència i ús

Citacions

3

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Alic, AsAutor (correspondència)Blanquer, IAutor o coautor

Compartir

31 d’octubre de 2024
Publicacions
>
Article
No

MuffinInfo: HTML5-Based Statistics Extractor from Next-Generation Sequencing Data

Publicat a:Journal Of Computational Biology. 23 (9): 750-755 - 2016-09-01 23(9), DOI: 10.1089/cmb.2016.0031

Autors: Alic, AS; Blanquer, I

Afiliacions

Univ Politecn Valencia, Inst Instrumentacin Imagen Mol - Autor o coautor

Resum

Usually, the information known a priori about a newly sequenced organism is limited. Even resequencing the same organism can generate unpredictable output. We introduce MuffinInfo, a FastQ/Fasta/SAM information extractor implemented in HTML5 capable of offering insights into next-generation sequencing (NGS) data. Our new tool can run on any software or hardware environment, in command line or graphically, and in browser or standalone. It presents information such as average length, base distribution, quality scores distribution, k-mer histogram, and homopolymers analysis. MuffinInfo improves upon the existing extractors by adding the ability to save and then reload the results obtained after a run as a navigable file (also supporting saving pictures of the charts), by supporting custom statistics implemented by the user, and by offering user-adjustable parameters involved in the processing, all in one software. At the moment, the extractor works with all base space technologies such as Illumina, Roche, Ion Torrent, Pacific Biosciences, and Oxford Nanopore. Owing to HTML5, our software demonstrates the readiness of web technologies for mild intensive tasks encountered in bioinformatics.

Paraules clau

BiologyComputational biologyDna sequenceEscherichia coliEscherichia coli proteinEscherichia coli proteinsExtractionGeneticsGenomeHigh throughput sequencingHigh-throughput nucleotide sequencingHtml5InformationNgsProceduresSequence analysis, dnaSoftwareStatistics

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Journal Of Computational Biology a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència Scopus (SJR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2016, es trobava a la posició , aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Modeling and Simulation. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2025-07-26:

  • WoS: 1
  • Scopus: 2

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-26:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 6.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 6 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 0.75.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 2 (Altmetric).

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Alic Dadu, Andrei Stefan) i Últim Autor (Blanquer Espert, Ignacio).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat Alic Dadu, Andrei Stefan.