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Análisis de autorías institucional

Alic, AsAutor (correspondencia)Blanquer, IAutor o Coautor

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31 de octubre de 2024
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MuffinInfo: HTML5-Based Statistics Extractor from Next-Generation Sequencing Data

Publicado en:Journal Of Computational Biology. 23 (9): 750-755 - 2016-09-01 23(9), DOI: 10.1089/cmb.2016.0031

Autores: Alic, AS; Blanquer, I

Afiliaciones

Univ Politecn Valencia, Inst Instrumentacin Imagen Mol - Autor o Coautor

Resumen

Usually, the information known a priori about a newly sequenced organism is limited. Even resequencing the same organism can generate unpredictable output. We introduce MuffinInfo, a FastQ/Fasta/SAM information extractor implemented in HTML5 capable of offering insights into next-generation sequencing (NGS) data. Our new tool can run on any software or hardware environment, in command line or graphically, and in browser or standalone. It presents information such as average length, base distribution, quality scores distribution, k-mer histogram, and homopolymers analysis. MuffinInfo improves upon the existing extractors by adding the ability to save and then reload the results obtained after a run as a navigable file (also supporting saving pictures of the charts), by supporting custom statistics implemented by the user, and by offering user-adjustable parameters involved in the processing, all in one software. At the moment, the extractor works with all base space technologies such as Illumina, Roche, Ion Torrent, Pacific Biosciences, and Oxford Nanopore. Owing to HTML5, our software demonstrates the readiness of web technologies for mild intensive tasks encountered in bioinformatics.

Palabras clave

BiologyComputational biologyDna sequenceEscherichia coliEscherichia coli proteinEscherichia coli proteinsExtractionGeneticsGenomeHigh throughput sequencingHigh-throughput nucleotide sequencingHtml5InformationNgsProceduresSequence analysis, dnaSoftwareStatistics

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Journal Of Computational Biology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2016, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Modeling and Simulation. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

2025-07-25:

  • WoS: 1
  • Scopus: 2

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-25:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 6.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 6 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 0.75.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 2 (Altmetric).

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Alic Dadu, Andrei Stefan) y Último Autor (Blanquer Espert, Ignacio).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Alic Dadu, Andrei Stefan.