{rfName}
Hi

Indexat a

Llicència i ús

Licencia

Citacions

1

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Pulgarin-Ospina, Cristian CamiloAutor (correspondència)Del Amor, RocíoAutor o coautorColomer, AdrianAutor o coautorNaranjo, ValeryAutor o coautor

Compartir

17 defebrer de 2025
Publicacions
>
Article
No

HistoColAi: An open-source web platform for collaborative digital histology image annotation with AI-driven predictive integration

Publicat a: COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE. 260 108577- - 2025-01-01 260(), DOI: 10.1016/j.cmpb.2024.108577

Autors:

Pulgarín-Ospina, Cristian Camilo; del Amor, Rocío; Silva-Rodríguez, Julio José; Colomer, Adrián; Naranjo Ornedo, Valeriana
[+]

Afiliacions

ETS, Quebec City, PQ, Canada - Autor o coautor
Univ Politecn Valencia, Inst Univ Invest Tecnol Centrada Humano, Valencia, Spain - Autor o coautor
Valencian Grad Sch, Res Network Artificial Intelligence, ValgrAI, Valencia, Spain - Autor o coautor
Veure més

Resum

Digital pathology is now a standard component of the pathology workflow, offering numerous benefits such as high-detail whole slide images and the capability for immediate case sharing between hospitals. Recent advances in deep learning-based methods for image analysis make them a potential aid in digital pathology. However, A significant challenge in developing computer-aided diagnostic systems for pathology is the lack of intuitive, open-source web applications for data annotation. This paper proposes a web service that efficiently provides a tool to visualize and annotate digitized histological images, integrating AI-driven predictive insights. While the tool is capable of handling various image formats, its primary use case is for Whole Slide Imaging (WSI) in the TIFF format, specifically tailored for histopathology applications. This innovative integration not only revolutionizes accessibility but also democratizes the utilization of complex deep-learning models for pathologists unfamiliar with such tools. Moreover, to demonstrate the effectiveness of this approach, we present a use case centered on the diagnosis of spindle cell skin neoplasm involving multiple annotators. Additionally, we conduct a usability study, showing the feasibility of the developed tool.
[+]

Paraules clau

Annotation toolDeep learningDigital pathologyWeb servicWeb service

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2025, es trobava a la posició 20/147, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Computer Science, Theory & Methods.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2026-04-04:

  • Scopus: 1
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-04:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 24.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 24 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 6.
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Canada.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Pulgarín Ospina, Cristian Camilo) i Últim Autor (Naranjo Ornedo, Valeriana).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat Pulgarín Ospina, Cristian Camilo.

[+]

Objectius del projecte

Los objetivos perseguidos en esta aportación son analizar la necesidad de aplicaciones web abiertas e intuitivas para la anotación de datos en patología digital; desarrollar una plataforma web que permita visualizar y anotar imágenes histológicas digitalizadas con integración predictiva basada en inteligencia artificial; adaptar la herramienta para el manejo de formatos de imagen, especialmente Whole Slide Imaging (WSI) en formato TIFF; democratizar el acceso a modelos de aprendizaje profundo para patólogos sin experiencia previa; demostrar la efectividad del sistema mediante un caso de uso en el diagnóstico de neoplasia cutánea de células fusiformes con múltiples anotadores; y evaluar la usabilidad de la plataforma para confirmar su viabilidad en entornos clínicos.
[+]

Resultats més rellevants

La aportación presenta el desarrollo de HistoColAi, una plataforma web de código abierto para la anotación colaborativa de imágenes histológicas con integración predictiva basada en IA. Los resultados más relevantes incluyen: 1) la capacidad de visualizar y anotar imágenes digitalizadas en formatos variados, con énfasis en Whole Slide Imaging (WSI) en formato TIFF para aplicaciones histopatológicas; 2) la integración innovadora de modelos de aprendizaje profundo que facilita su uso por patólogos sin experiencia previa en IA; 3) la demostración práctica mediante un caso de diagnóstico de neoplasia cutánea de células fusiformes con múltiples anotadores; y 4) la validación de la herramienta a través de un estudio de usabilidad que confirma su viabilidad y accesibilidad en entornos clínicos.
[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

This work has received funding from Horizon 2020, the European Union's Framework Programme for Research and Innovation, under the grant agreement No. 860627 (CLARIFY) , the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness through project PID2019-105142RB-C21 (AI4SKIN) and GVA through the project INNEST/2021/321 (SAMUEL) . he work of Cristian Camilo Pulgarin Ospina has been supported by the Spanish State Research Agency (PRE2020-093271) . The work of Rocio del Amor has been supported by the Spanish Ministry of Universities (FPU20/05263) . The work of J. Silva-Rodriguez was carried out during his previous position at Universitat Politecnica de Valencia.
[+]