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Investigadores/as Institucionales

Pulgarin-Ospina, Cristian CamiloAutor (correspondencia)Del Amor, RocíoAutor o CoautorColomer, AdrianAutor o CoautorNaranjo, ValeryAutor o Coautor

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17 de febrero de 2025
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Artículo
No

HistoColAi: An open-source web platform for collaborative digital histology image annotation with AI-driven predictive integration

Publicado en: COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE. 260 108577- - 2025-01-01 260(), DOI: 10.1016/j.cmpb.2024.108577

Autores:

Pulgarín-Ospina, Cristian Camilo; del Amor, Rocío; Silva-Rodríguez, Julio José; Colomer, Adrián; Naranjo Ornedo, Valeriana
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Afiliaciones

ETS, Quebec City, PQ, Canada - Autor o Coautor
Univ Politecn Valencia, Inst Univ Invest Tecnol Centrada Humano, Valencia, Spain - Autor o Coautor
Valencian Grad Sch, Res Network Artificial Intelligence, ValgrAI, Valencia, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Digital pathology is now a standard component of the pathology workflow, offering numerous benefits such as high-detail whole slide images and the capability for immediate case sharing between hospitals. Recent advances in deep learning-based methods for image analysis make them a potential aid in digital pathology. However, A significant challenge in developing computer-aided diagnostic systems for pathology is the lack of intuitive, open-source web applications for data annotation. This paper proposes a web service that efficiently provides a tool to visualize and annotate digitized histological images, integrating AI-driven predictive insights. While the tool is capable of handling various image formats, its primary use case is for Whole Slide Imaging (WSI) in the TIFF format, specifically tailored for histopathology applications. This innovative integration not only revolutionizes accessibility but also democratizes the utilization of complex deep-learning models for pathologists unfamiliar with such tools. Moreover, to demonstrate the effectiveness of this approach, we present a use case centered on the diagnosis of spindle cell skin neoplasm involving multiple annotators. Additionally, we conduct a usability study, showing the feasibility of the developed tool.
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Palabras clave

Annotation toolDeep learningDigital pathologyWeb servicWeb service

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2025, se encontraba en la posición 20/147, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Computer Science, Theory & Methods.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-04:

  • Scopus: 1
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-04:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 24.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 24 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 6.
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Canada.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Pulgarín Ospina, Cristian Camilo) y Último Autor (Naranjo Ornedo, Valeriana).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Pulgarín Ospina, Cristian Camilo.

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Objetivos del proyecto

Los objetivos perseguidos en esta aportación son analizar la necesidad de aplicaciones web abiertas e intuitivas para la anotación de datos en patología digital; desarrollar una plataforma web que permita visualizar y anotar imágenes histológicas digitalizadas con integración predictiva basada en inteligencia artificial; adaptar la herramienta para el manejo de formatos de imagen, especialmente Whole Slide Imaging (WSI) en formato TIFF; democratizar el acceso a modelos de aprendizaje profundo para patólogos sin experiencia previa; demostrar la efectividad del sistema mediante un caso de uso en el diagnóstico de neoplasia cutánea de células fusiformes con múltiples anotadores; y evaluar la usabilidad de la plataforma para confirmar su viabilidad en entornos clínicos.
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Resultados más relevantes

La aportación presenta el desarrollo de HistoColAi, una plataforma web de código abierto para la anotación colaborativa de imágenes histológicas con integración predictiva basada en IA. Los resultados más relevantes incluyen: 1) la capacidad de visualizar y anotar imágenes digitalizadas en formatos variados, con énfasis en Whole Slide Imaging (WSI) en formato TIFF para aplicaciones histopatológicas; 2) la integración innovadora de modelos de aprendizaje profundo que facilita su uso por patólogos sin experiencia previa en IA; 3) la demostración práctica mediante un caso de diagnóstico de neoplasia cutánea de células fusiformes con múltiples anotadores; y 4) la validación de la herramienta a través de un estudio de usabilidad que confirma su viabilidad y accesibilidad en entornos clínicos.
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Reconocimientos ligados al ítem

This work has received funding from Horizon 2020, the European Union's Framework Programme for Research and Innovation, under the grant agreement No. 860627 (CLARIFY) , the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness through project PID2019-105142RB-C21 (AI4SKIN) and GVA through the project INNEST/2021/321 (SAMUEL) . he work of Cristian Camilo Pulgarin Ospina has been supported by the Spanish State Research Agency (PRE2020-093271) . The work of Rocio del Amor has been supported by the Spanish Ministry of Universities (FPU20/05263) . The work of J. Silva-Rodriguez was carried out during his previous position at Universitat Politecnica de Valencia.
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