{rfName}
SI

Llicència i ús

Licencia Icono OpenAccess

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Vilanova, SantiagoAutor (correspondència)Alonso, DavidAutor o coautorGramazio, PietroAutor o coautorPlazas, MariolaAutor o coautorProhens, JaimeAutor o coautor

Compartir

9 d’octubre de 2024
Publicacions
>
Article

SILEX: a fast and inexpensive high-quality DNA extraction method suitable for multiple sequencing platforms and recalcitrant plant species

Publicat a: Plant Methods. 16 (1): 1-11 - 2020-01-01 16(1), DOI: 10.1186/s13007-020-00652-y

Autors:

Vilanova Navarro, Santiago; Alonso-Martín, David; Gramazio, Pietro; Plazas Ávila, María de la O; García-Fortea, Edgar; Ferrante, Paola; Schmidt, Maximilian; Díez Niclós, Mª José Teresa De Jesús; Usadel, Björn; Giuliano, Giovanni; Prohens Tomás, Jaime
[+]

Afiliacions

Forschungszentrum Julich, BG Bioinformat 4, D-52428 Julich, Germany - Autor o coautor
Heinrich Heine Univ Dusseldorf, Inst Biol Data Sci, CEPLAS, D-40225 Dusseldorf, Germany - Autor o coautor
Italian Natl Agcy New Technol Energy & Sustainabl, ENEA, Rome, Italy - Autor o coautor
Univ Politecn Valencia, Inst Conservac & Mejora Agrodiversidad Valenciana, Camino Vera 14, Valencia 46022, Spain - Autor o coautor
Univ Tsukuba, Fac Life & Environm Sci, 1-1-1 Tennodai, Tsukuba, Ibaraki 3058572, Japan - Autor o coautor
Veure més

Resum

Background The use of sequencing and genotyping platforms has undergone dramatic improvements, enabling the generation of a wealth of genomic information. Despite this progress, the availability of high-quality genomic DNA (gDNA) in sufficient concentrations is often a main limitation, especially for third-generation sequencing platforms. A variety of DNA extraction methods and commercial kits are available. However, many of these are costly and frequently give either low yield or low-quality DNA, inappropriate for next generation sequencing (NGS) platforms. Here, we describe a fast and inexpensive DNA extraction method (SILEX) applicable to a wide range of plant species and tissues. Results SILEX is a high-throughput DNA extraction protocol, based on the standard CTAB method with a DNA silica matrix recovery, which allows obtaining NGS-quality high molecular weight genomic plant DNA free of inhibitory compounds. SILEX was compared with a standard CTAB extraction protocol and a common commercial extraction kit in a variety of species, including recalcitrant ones, from different families. In comparison with the other methods, SILEX yielded DNA in higher concentrations and of higher quality. Manual extraction of 48 samples can be done in 96 min by one person at a cost of 0.12 euro/sample of reagents and consumables. Hundreds of tomato gDNA samples obtained with either SILEX or the commercial kit were successfully genotyped with Single Primer Enrichment Technology (SPET) with the Illumina HiSeq 2500 platform. Furthermore, DNA extracted fromSolanum elaeagnifoliumusing this protocol was assessed by Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), obtaining a suitable size ranges for most sequencing platforms that required high-molecular-weight DNA such as Nanopore or PacBio. Conclusions A high-throughput, fast and inexpensive DNA extraction protocol was developed and validated for a wide variety of plants and tissues. SILEX offers an easy, scalable, efficient and inexpensive way to extract DNA for various next-generation sequencing applications including SPET and Nanopore among others.
[+]

Paraules clau

BuffeContaminant-free dnaCtab protocolDna extractionElaeagnifoliumHigh-molecular-weight dnaHigh-throughput genotypingNanoporNanoporeNext-generation sequencingPlasmidProtocolPurificationRecalcitrant speciesSilica matrixSpet

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Plant Methods a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2020, es trobava a la posició 24/235, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Plant Sciences. Destacable, igualment, el fet que la revista està posicionada per sobre del Percentil 90.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 2.65. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 13 Nov 2025)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 2.82 (font consultada: FECYT Mar 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2026-04-04, el següent nombre de cites:

  • WoS: 48
  • Scopus: 48
  • Europe PMC: 31
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-04:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 138.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 138 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 30.
  • El nombre de mencions a la xarxa social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 53 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
  • Assignació d'un Handle/URN com a identificador dins del Dipòsit en el Repositori Institucional: http://hdl.handle.net/10251/176129
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Germany; Italy; Japan; United Kingdom.

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Vilanova Navarro, Santiago) i Últim Autor (Prohens Tomás, Jaime).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat Vilanova Navarro, Santiago.

[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

This research has been funded by the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 677379 (Linking genetic resources, genomes and phenotypes of Solanaceous crops; G2P-SOL). David Alonso is grateful to Universitat Politecnica de Valencia for a predoctoral (PAID-01-16) contract under the Programa de Ayudas de Investigacion y Desarrollo initiative. Mariola Plazas is grateful to Generalitat Valenciana and Fondo Social Europeo for a postdoctoral grant (APOSTD/2018/014). Pietro Gramazio is grateful to Japan Society for the Promotion of Science for a Postdoctoral Grant (P19105, FY2019 JSPS Postdoctoral Fellowship for Research in Japan (Standard)). The Spanish Ministerio de Educacion, Cultura y Deporte funded a predoctoral fellowship granted to Edgar Garcia-Fortea (FPU17/02389).
[+]

Ítems relacionats