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Vilanova, SantiagoAutor (correspondencia)Alonso, DavidAutor o CoautorGramazio, PietroAutor o CoautorPlazas, MariolaAutor o CoautorProhens, JaimeAutor o Coautor

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9 de octubre de 2024
Publicaciones
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Artículo

SILEX: a fast and inexpensive high-quality DNA extraction method suitable for multiple sequencing platforms and recalcitrant plant species

Publicado en: Plant Methods. 16 (1): 1-11 - 2020-01-01 16(1), DOI: 10.1186/s13007-020-00652-y

Autores:

Vilanova Navarro, Santiago; Alonso-Martín, David; Gramazio, Pietro; Plazas Ávila, María de la O; García-Fortea, Edgar; Ferrante, Paola; Schmidt, Maximilian; Díez Niclós, Mª José Teresa De Jesús; Usadel, Björn; Giuliano, Giovanni; Prohens Tomás, Jaime
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Afiliaciones

Forschungszentrum Julich, BG Bioinformat 4, D-52428 Julich, Germany - Autor o Coautor
Heinrich Heine Univ Dusseldorf, Inst Biol Data Sci, CEPLAS, D-40225 Dusseldorf, Germany - Autor o Coautor
Italian Natl Agcy New Technol Energy & Sustainabl, ENEA, Rome, Italy - Autor o Coautor
Univ Politecn Valencia, Inst Conservac & Mejora Agrodiversidad Valenciana, Camino Vera 14, Valencia 46022, Spain - Autor o Coautor
Univ Tsukuba, Fac Life & Environm Sci, 1-1-1 Tennodai, Tsukuba, Ibaraki 3058572, Japan - Autor o Coautor
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Resumen

Background The use of sequencing and genotyping platforms has undergone dramatic improvements, enabling the generation of a wealth of genomic information. Despite this progress, the availability of high-quality genomic DNA (gDNA) in sufficient concentrations is often a main limitation, especially for third-generation sequencing platforms. A variety of DNA extraction methods and commercial kits are available. However, many of these are costly and frequently give either low yield or low-quality DNA, inappropriate for next generation sequencing (NGS) platforms. Here, we describe a fast and inexpensive DNA extraction method (SILEX) applicable to a wide range of plant species and tissues. Results SILEX is a high-throughput DNA extraction protocol, based on the standard CTAB method with a DNA silica matrix recovery, which allows obtaining NGS-quality high molecular weight genomic plant DNA free of inhibitory compounds. SILEX was compared with a standard CTAB extraction protocol and a common commercial extraction kit in a variety of species, including recalcitrant ones, from different families. In comparison with the other methods, SILEX yielded DNA in higher concentrations and of higher quality. Manual extraction of 48 samples can be done in 96 min by one person at a cost of 0.12 euro/sample of reagents and consumables. Hundreds of tomato gDNA samples obtained with either SILEX or the commercial kit were successfully genotyped with Single Primer Enrichment Technology (SPET) with the Illumina HiSeq 2500 platform. Furthermore, DNA extracted fromSolanum elaeagnifoliumusing this protocol was assessed by Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), obtaining a suitable size ranges for most sequencing platforms that required high-molecular-weight DNA such as Nanopore or PacBio. Conclusions A high-throughput, fast and inexpensive DNA extraction protocol was developed and validated for a wide variety of plants and tissues. SILEX offers an easy, scalable, efficient and inexpensive way to extract DNA for various next-generation sequencing applications including SPET and Nanopore among others.
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Palabras clave

BuffeContaminant-free dnaCtab protocolDna extractionElaeagnifoliumHigh-molecular-weight dnaHigh-throughput genotypingNanoporNanoporeNext-generation sequencingPlasmidProtocolPurificationRecalcitrant speciesSilica matrixSpet

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Plant Methods debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 24/235, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Plant Sciences. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 2.65. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 2.82 (fuente consultada: FECYT Mar 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2026-04-04, el siguiente número de citas:

  • WoS: 48
  • Scopus: 48
  • Europe PMC: 31
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-04:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 138.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 138 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 30.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 1 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 53 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: http://hdl.handle.net/10251/176129
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Germany; Italy; Japan; United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Vilanova Navarro, Santiago) y Último Autor (Prohens Tomás, Jaime).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Vilanova Navarro, Santiago.

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Reconocimientos ligados al ítem

This research has been funded by the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 677379 (Linking genetic resources, genomes and phenotypes of Solanaceous crops; G2P-SOL). David Alonso is grateful to Universitat Politecnica de Valencia for a predoctoral (PAID-01-16) contract under the Programa de Ayudas de Investigacion y Desarrollo initiative. Mariola Plazas is grateful to Generalitat Valenciana and Fondo Social Europeo for a postdoctoral grant (APOSTD/2018/014). Pietro Gramazio is grateful to Japan Society for the Promotion of Science for a Postdoctoral Grant (P19105, FY2019 JSPS Postdoctoral Fellowship for Research in Japan (Standard)). The Spanish Ministerio de Educacion, Cultura y Deporte funded a predoctoral fellowship granted to Edgar Garcia-Fortea (FPU17/02389).
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