{rfName}
Fr

Llicència i ús

Licencia

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Plazas, MariolaAutor o coautorProhens, JaimeAutor o coautor

Compartir

9 d’octubre de 2024
Publicacions
>
Article
No

From bits to bites: Advancement of the Germinate platform to support genetic resources collections and prebreeding informatics for crop wild relatives

Publicat a: CROP SCIENCE. 61 (3): 1538-1566 - 2021-01-01 61(3), DOI: 10.1002/csc2.20248

Autors:

Raubach, Sebastian; Kilian, Benjamin; Dreher, Kate; Amri, Ahmed; Bassi, Filippo M.; Cook, Douglas; Cruikshank, Alan; Fatokun, Christian; El Haddad, Noureddine; Humphries, Alan; Jordan, David; Kehel, Zakaria; Kumar, Shiv; Labarosa, Sandy Jan; Nguyen, Loi Huu; Plazas Ávila, María de la O; Prohens Tomás, Jaime
[+]

Afiliacions

Can Tho Univ, Mekong Delta Dev Res Inst, Can Tho, Vietnam - Autor o coautor
Cornell Univ, Plant Breeding & Genet, Ithaca, NY 14850 USA - Autor o coautor
Dept Agr & Fisheries, Warwick, Qld 4370, Australia - Autor o coautor
Global Crop Div Trust, Pl Vereinten Nationen 7, D-53113 Bonn, Germany - Autor o coautor
Int Agr Ctr Res Dry Areas ICARDA, Rabat, Morocco - Autor o coautor
Int Crops Res Inst Semi Arid Trop ICRISAT Eastern, POB 39063-00623, Nairobi, Kenya - Autor o coautor
Int Crops Res Inst Semi Arid Trop, Patancheru 502324, Andhra Pradesh, India - Autor o coautor
Int Inst Trop Agr IITA, HQ, Ibadan, Nigeria - Autor o coautor
Int Inst Trop Agr IITA, Kano, Nigeria - Autor o coautor
Int Maize & Wheat Improvement Ctr CIMMYT, Edo De Mexico 56237, Texcoco, Mexico - Autor o coautor
Int Rice Res Inst IRRI, Pili Dr, Los Banos 4031, Laguna, Philippines - Autor o coautor
James Hutton Inst, Dept Informat & Computat Sci, Errol Rd, Dundee DD2 5DA, Scotland - Autor o coautor
South Australian Res & Dev Inst SARDI, Waite Inst, Urrbrae 5064, Australia - Autor o coautor
SRUC, Peter Wilson Bldg,West Mains Rd, Edinburgh EH9 3JG, Midlothian, Scotland - Autor o coautor
Univ Bonn Crop Trust, Bonn, Germany - Autor o coautor
Univ British Columbia, Dept Bot, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada - Autor o coautor
Univ Calif Davis, Dept Plant Pathol, Coll Agr & Environm Sci, One Shields Ave, Davis, CA 95616 USA - Autor o coautor
Univ Politecn Valencia, Valencia 46022, Spain - Autor o coautor
Univ Queensland, Warwick, Qld 4370, Australia - Autor o coautor
World Vegetable Ctr, Shanhua, Taiwan - Autor o coautor
Veure més

Resum

Management and distribution of experimental data from prebreeding projects is important to ensure uptake of germplasm into breeding and research programs. Being able to access and share this data in standard formats is essential. The adoption of a common informatics platform for crops that may have limited resources brings economies of scale, allowing common informatics components to be used across multiple species. The close integration of such a platform with commonly used breeding software, visualization, and analysis tools reduces the barrier for entry to researchers and provides a common framework to facilitate collaborations and data sharing. This work presents significant updates to the Germinate platform and highlights its value in distributing prebreeding data for 14 crops as part of the project 'Adapting Agriculture to Climate Change: Collecting, Protecting and Preparing Crop Wild Relatives' (hereafter Crop Trust Crop Wild Relatives project) led by the Crop Trust (https://www.cwrdiversity.org). The addition of data on these species compliments data already publicly available in Germinate. We present a suite of updated Germinate features using examples from these crop species and their wild relatives. The use of Germinate within the Crop Trust Crop Wild Relatives project demonstrates the usefulness of the system and the benefits a shared informatics platform provides. These data resources provide a foundation on which breeding and research communities can develop additional online resources for their crops, harness new data as it becomes available, and benefit collectively from future developments of the Germinate platform.
[+]

Paraules clau

CollectionDesigEggplantGenotypeHybridsPhenolicsPopulationProjectRufipogonVisualization

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista CROP SCIENCE a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència Scopus (SJR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2021, es trobava a la posició , aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Agronomy and Crop Science.

Des d'una perspectiva relativa, i tenint en compte l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir de les Citacions Mundials proporcionades per WoS (ESI, Clarivate), proporciona un valor per a la normalització de citacions relatives a la taxa de citació esperada de: 2.96. Això indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: ESI 13 Nov 2025)

Aquesta informació es reforça amb altres indicadors del mateix tipus, que encara que dinàmics en el temps i dependents del conjunt de citacions mitjanes mundials en el moment del seu càlcul, coincideixen a posicionar en algun moment el treball, entre el 50% més citats dins de la seva temàtica:

  • Mitjana Ponderada de l'Impacte Normalitzat de l'agència Scopus: 2.96 (font consultada: FECYT Mar 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2026-04-02, el següent nombre de cites:

  • WoS: 33
  • Scopus: 37
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-02:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 70.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 68 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 37.
  • El nombre de mencions a la xarxa social Facebook: 2 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 33 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a mitjans de comunicació: 1 (Altmetric).
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Aquest treball s'ha realitzat amb col·laboració internacional, concretament amb investigadors de: Australia; Canada; Germany; India; Kenya; Lebanon; Mexico; Morocco; Niger; Nigeria; Philippines; Syria; Taiwan; United Kingdom; United States of America; Vietnam.

[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

This work was undertaken as part of the initiative 'Adapting Agriculture to Climate Change: Collecting, Protecting and Preparing Crop Wild Relatives,' which is supported by the Government of Norway. The project is managed by the Global Crop Diversity Trust with the Millennium Seed Bank of the Royal Botanic Gardens, Kew, and implemented in partnership with national and international genebanks and plant breeding institutes around the world. For further information, see the project website: http://www.cwrdiversity.org.The authors also gratefully acknowledge funding from the Scottish Government's Rural and Environmental Science and Analytical Services (RESAS) division, Scottish Environment Food and Agriculture Research Institutes (SEFARI), the International Barley Hub (IBH) and the Templeton World Charity Foundation, Inc. Grant ID TWCF0400 ' Safeguarding crop diversity for food security: Prebreeding complemented with Innovative Finance.' Additional funding for Germinate components was provided by Seeds of Discovery (SeeD) Initiative component MasAgro Biodiversidad, funded through the Sustainable Modernization of Traditional Agriculture (MasAgro) Project by the Secretaria de Agricultura y Desarrollo Rural (SADER) of the government of Mexico as well as the MAIZE and WHEAT CGIAR Research Programs and the International Wheat Yield Partnership (IWYP). We would also like to thank colleagues at the James Hutton Institute, in particular, members of the Information and Computational Sciences and Cell and Molecular Sciences Departments in Invergowrie for their help and support throughout this work. Additionally, we would like to thank all of those who have been generous enough with their time, enthusiasm, and feedback over the development of Germinate and their help in carrying out user testing on the platform without whom projects such as these would not succeed.
[+]