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Plazas, MariolaAutor o CoautorProhens, JaimeAutor o Coautor

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9 de octubre de 2024
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Artículo
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From bits to bites: Advancement of the Germinate platform to support genetic resources collections and prebreeding informatics for crop wild relatives

Publicado en: CROP SCIENCE. 61 (3): 1538-1566 - 2021-01-01 61(3), DOI: 10.1002/csc2.20248

Autores:

Raubach, Sebastian; Kilian, Benjamin; Dreher, Kate; Amri, Ahmed; Bassi, Filippo M.; Cook, Douglas; Cruikshank, Alan; Fatokun, Christian; El Haddad, Noureddine; Humphries, Alan; Jordan, David; Kehel, Zakaria; Kumar, Shiv; Labarosa, Sandy Jan; Nguyen, Loi Huu; Plazas Ávila, María de la O; Prohens Tomás, Jaime
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Afiliaciones

Can Tho Univ, Mekong Delta Dev Res Inst, Can Tho, Vietnam - Autor o Coautor
Cornell Univ, Plant Breeding & Genet, Ithaca, NY 14850 USA - Autor o Coautor
Dept Agr & Fisheries, Warwick, Qld 4370, Australia - Autor o Coautor
Global Crop Div Trust, Pl Vereinten Nationen 7, D-53113 Bonn, Germany - Autor o Coautor
Int Agr Ctr Res Dry Areas ICARDA, Rabat, Morocco - Autor o Coautor
Int Crops Res Inst Semi Arid Trop ICRISAT Eastern, POB 39063-00623, Nairobi, Kenya - Autor o Coautor
Int Crops Res Inst Semi Arid Trop, Patancheru 502324, Andhra Pradesh, India - Autor o Coautor
Int Inst Trop Agr IITA, HQ, Ibadan, Nigeria - Autor o Coautor
Int Inst Trop Agr IITA, Kano, Nigeria - Autor o Coautor
Int Maize & Wheat Improvement Ctr CIMMYT, Edo De Mexico 56237, Texcoco, Mexico - Autor o Coautor
Int Rice Res Inst IRRI, Pili Dr, Los Banos 4031, Laguna, Philippines - Autor o Coautor
James Hutton Inst, Dept Informat & Computat Sci, Errol Rd, Dundee DD2 5DA, Scotland - Autor o Coautor
South Australian Res & Dev Inst SARDI, Waite Inst, Urrbrae 5064, Australia - Autor o Coautor
SRUC, Peter Wilson Bldg,West Mains Rd, Edinburgh EH9 3JG, Midlothian, Scotland - Autor o Coautor
Univ Bonn Crop Trust, Bonn, Germany - Autor o Coautor
Univ British Columbia, Dept Bot, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada - Autor o Coautor
Univ Calif Davis, Dept Plant Pathol, Coll Agr & Environm Sci, One Shields Ave, Davis, CA 95616 USA - Autor o Coautor
Univ Politecn Valencia, Valencia 46022, Spain - Autor o Coautor
Univ Queensland, Warwick, Qld 4370, Australia - Autor o Coautor
World Vegetable Ctr, Shanhua, Taiwan - Autor o Coautor
Ver más

Resumen

Management and distribution of experimental data from prebreeding projects is important to ensure uptake of germplasm into breeding and research programs. Being able to access and share this data in standard formats is essential. The adoption of a common informatics platform for crops that may have limited resources brings economies of scale, allowing common informatics components to be used across multiple species. The close integration of such a platform with commonly used breeding software, visualization, and analysis tools reduces the barrier for entry to researchers and provides a common framework to facilitate collaborations and data sharing. This work presents significant updates to the Germinate platform and highlights its value in distributing prebreeding data for 14 crops as part of the project 'Adapting Agriculture to Climate Change: Collecting, Protecting and Preparing Crop Wild Relatives' (hereafter Crop Trust Crop Wild Relatives project) led by the Crop Trust (https://www.cwrdiversity.org). The addition of data on these species compliments data already publicly available in Germinate. We present a suite of updated Germinate features using examples from these crop species and their wild relatives. The use of Germinate within the Crop Trust Crop Wild Relatives project demonstrates the usefulness of the system and the benefits a shared informatics platform provides. These data resources provide a foundation on which breeding and research communities can develop additional online resources for their crops, harness new data as it becomes available, and benefit collectively from future developments of the Germinate platform.
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Palabras clave

CollectionDesigEggplantGenotypeHybridsPhenolicsPopulationProjectRufipogonVisualization

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista CROP SCIENCE debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2021, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Agronomy and Crop Science.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 2.96. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 2.96 (fuente consultada: FECYT Mar 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2026-04-02, el siguiente número de citas:

  • WoS: 33
  • Scopus: 37
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-02:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 70.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 68 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 37.
  • El número de menciones en la red social Facebook: 2 (Altmetric).
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 33 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 1 (Altmetric).
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Australia; Canada; Germany; India; Kenya; Lebanon; Mexico; Morocco; Niger; Nigeria; Philippines; Syria; Taiwan; United Kingdom; United States of America; Vietnam.

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Objetivos del proyecto

Los objetivos perseguidos en esta aportación se centran en el desarrollo y aplicación de una plataforma informática común para la gestión y distribución de datos de premejoramiento en cultivos y sus parientes silvestres. En concreto, se plantean los siguientes objetivos:

- Actualizar y mejorar la plataforma Germinate para soportar la gestión de datos de proyectos de premejoramiento en múltiples especies de cultivos y sus parientes silvestres.
- Facilitar el acceso y la compartición de datos experimentales en formatos estándar para promover su integración en programas de mejoramiento y de investigación.
- Integrar la plataforma con herramientas comunes de mejoramiento, visualización y análisis para reducir las barreras de uso por parte de los investigadores.
- Demostrar la utilidad de la plataforma mediante su aplicación en el proyecto “Adapting Agriculture to Climate Change: Collecting, Protecting and Preparing Crop Wild Relatives” para 14 especies de cultivos.
- Proporcionar una base de datos pública y actualizada que permita a las comunidades de mejoramiento y de investigación desarrollar recursos adicionales y aprovechar futuros avances tecnológicos.
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Resultados más relevantes

RESULTADOS MÁS RELEVANTES

El estudio presenta avances significativos en la plataforma Germinate para apoyar la gestión y distribución de datos en proyectos de premejoramiento de cultivos y sus parientes silvestres. Los resultados principales obtenidos son:

- Integración de datos prebreeding para 14 cultivos y sus parientes silvestres dentro de la plataforma Germinate, ampliando la base de datos pública existente.
- Implementación de nuevas funcionalidades en Germinate que facilitan la visualización, análisis y acceso estandarizado a los datos experimentales.
- Demostración del uso efectivo de Germinate en el proyecto “Adapting Agriculture to Climate Change: Collecting, Protecting and Preparing Crop Wild Relatives”, evidenciando su utilidad para la colaboración y el intercambio de información.
- Establecimiento de una infraestructura común que permite economías de escala y la reutilización de componentes informáticos entre diferentes especies y proyectos.
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Reconocimientos ligados al ítem

This work was undertaken as part of the initiative 'Adapting Agriculture to Climate Change: Collecting, Protecting and Preparing Crop Wild Relatives,' which is supported by the Government of Norway. The project is managed by the Global Crop Diversity Trust with the Millennium Seed Bank of the Royal Botanic Gardens, Kew, and implemented in partnership with national and international genebanks and plant breeding institutes around the world. For further information, see the project website: http://www.cwrdiversity.org.The authors also gratefully acknowledge funding from the Scottish Government's Rural and Environmental Science and Analytical Services (RESAS) division, Scottish Environment Food and Agriculture Research Institutes (SEFARI), the International Barley Hub (IBH) and the Templeton World Charity Foundation, Inc. Grant ID TWCF0400 ' Safeguarding crop diversity for food security: Prebreeding complemented with Innovative Finance.' Additional funding for Germinate components was provided by Seeds of Discovery (SeeD) Initiative component MasAgro Biodiversidad, funded through the Sustainable Modernization of Traditional Agriculture (MasAgro) Project by the Secretaria de Agricultura y Desarrollo Rural (SADER) of the government of Mexico as well as the MAIZE and WHEAT CGIAR Research Programs and the International Wheat Yield Partnership (IWYP). We would also like to thank colleagues at the James Hutton Institute, in particular, members of the Information and Computational Sciences and Cell and Molecular Sciences Departments in Invergowrie for their help and support throughout this work. Additionally, we would like to thank all of those who have been generous enough with their time, enthusiasm, and feedback over the development of Germinate and their help in carrying out user testing on the platform without whom projects such as these would not succeed.
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