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Casto-Rebollo, CAutor o CoautorBlasco, AAutor o CoautorIbáñez-Escriche, NAutor (correspondencia)

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28 de octubre de 2024
Publicaciones
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Artículo

Selection for environmental variance shifted the gut microbiome composition driving animal resilience

Publicado en:Microbiome. 11 (1): 147- - 2023-07-04 11(1), DOI: 10.1186/s40168-023-01580-4

Autores: Casto-Rebollo, Cristina; Argente, Maria Jose; Garcia, Maria Luz; Pena, Ramona Natacha; Blasco, Agustin; Ibanez-Escriche, Noelia

Afiliaciones

Miguel Hernandez Univ, Ctr Invest & Innovac Agroalimentaria & Agroambient - Autor o Coautor
Univ Lleida, AGROTECNIO Ctr, Dept Ciencia Anim, Lleida - Autor o Coautor
Univ Politecn Valencia, Inst Anim Sci & Technol - Autor o Coautor

Resumen

Background Understanding how the host's microbiome shapes phenotypes and participates in the host response to selection is fundamental for evolutionists and animal and plant breeders. Currently, selection for resilience is considered a critical step in improving the sustainability of livestock systems. Environmental variance (V-E), the within-individual variance of a trait, has been successfully used as a proxy for animal resilience. Selection for reduced V-E could effectively shift gut microbiome composition; reshape the inflammatory response, triglyceride, and cholesterol levels; and drive animal resilience. This study aimed to determine the gut microbiome composition underlying the V-E of litter size (LS), for which we performed a metagenomic analysis in two rabbit populations divergently selected for low (n = 36) and high (n = 34) V-E of LS. Partial least square-discriminant analysis and alpha- and beta-diversity were computed to determine the differences in gut microbiome composition among the rabbit populations. Results We identified 116 KEGG IDs, 164 COG IDs, and 32 species with differences in abundance between the two rabbit populations studied. These variables achieved a classification performance of the V-E rabbit populations of over than 80%. Compared to the high V-E population, the low V-E (resilient) population was characterized by an underrepresentation of Megasphaera sp., Acetatifactor muris, Bacteroidetes rodentium, Ruminococcus bromii, Bacteroidetes togonis, and Eggerthella sp. and greater abundances of Alistipes shahii, Alistipes putredinis, Odoribacter splanchnicus, Limosilactobacillus fermentum, and Sutterella, among others. Differences in abundance were also found in pathways related to biofilm formation, quorum sensing, glutamate, and amino acid aromatic metabolism. All these results suggest differences in gut immunity modulation, closely related to resilience. Conclusions This is the first study to show that selection for V-E of LS can shift the gut microbiome composition. The results revealed differences in microbiome composition related to gut immunity modulation, which could contribute to the differences in resilience among rabbit populations. The selection-driven shifts in gut microbiome composition should make a substantial contribution to the remarkable genetic response observed in the V-E rabbit populations.

Palabras clave

AlistipesAnimalAnimal experimentAnimalsArticleBacteriaBacteroidesBacteroidetesBiofilmCholesterolCholesterol levelControlled studyEggerthellaEnvironmentFecesFirmicutesGastrointestinal microbiomeGeneticsGenomeInflammationInflammatory bowel diseaseIntestine floraKeggLachnospiraceaeLactobacillusLeporidaeMegasphaeraMetagenomeMicrobiotaMicrofloraNonhumanOdoribacter splanchnicusPhenotypePrincipal component analysisRabbitsRuminococcusTriacylglycerolUlcerative colitisVariance

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Microbiome debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 8/161, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Microbiology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 2.72. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.36 (fuente consultada: FECYT Feb 2024)
  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 7.38 (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-26, el siguiente número de citas:

  • WoS: 14
  • Scopus: 9
  • Europe PMC: 8

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-26:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 24.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 25 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 15.85.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 14 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (CASTO REBOLLO, CRISTINA) y Último Autor (IBAÑEZ ESCRICHE, NOELIA).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido IBAÑEZ ESCRICHE, NOELIA.