{rfName}
Im

Indexat a

Llicència i ús

Licencia Icono OpenAccess

Citacions

37

Altmetrics

Impacte en els Objectius de Desenvolupament Sostenible (ODS)

Anàlisi d'autories institucional

Puchalt, JcAutor o coautorSanchez-Salmerón, AjAutor (correspondència)Ivorra, EAutor o coautor

Compartir

30 d’octubre de 2024
Publicacions
>
Article
Sí

Improving lifespan automation for Caenorhabditis elegans by using image processing and a post-processing adaptive data filter

Publicat a: Scientific Reports. 10 (1): 1-14 - 2020-01-01 10(1), DOI: 10.1038/s41598-020-65619-4

Autors:

Puchalt-Rodríguez, Joan Carles; Sánchez Salmerón, Antonio José; Ivorra Martínez, Eugenio; Genovés Martínez, Salvador; Martínez, Roberto; Martorell Guerola, Patricia
[+]

Afiliacions

Archer Daniels Midland, Biopolis SL, ADM Nutr, Cell Biol Lab - Autor o coautor
Univ Politecn Valencia, Inst Automat & Informat Ind - Autor o coautor

Resum

Automated lifespan determination for C. elegans cultured in standard Petri dishes is challenging. Problems include occlusions of Petri dish edges, aggregation of worms, and accumulation of dirt (dust spots on lids) during assays, etc. This work presents a protocol for a lifespan assay, with two image-processing pipelines applied to different plate zones, and a new data post-processing method to solve the aforementioned problems. Specifically, certain steps in the culture protocol were taken to alleviate aggregation, occlusions, contamination, and condensation problems. This method is based on an active illumination system and facilitates automated image sequence analysis, does not need human threshold adjustments, and simplifies the techniques required to extract lifespan curves. In addition, two image-processing pipelines, applied to different plate zones, were employed for automated lifespan determination. The first image-processing pipeline was applied to a wall zone and used only pixel level information because worm size or shape features were unavailable in this zone. However, the second image-processing pipeline, applied to the plate centre, fused information at worm and pixel levels. Simple death event detection was used to automatically obtain lifespan curves from the image sequences that were captured once daily throughout the assay. Finally, a new post-processing method was applied to the extracted lifespan curves to filter errors. The experimental results showed that the errors in automated counting of live worms followed the Gaussian distribution with a mean of 2.91% and a standard deviation of +/- 12.73% per Petri plate. Post-processing reduced this error to 0.54 +/- 8.18% per plate. The automated survival curve incurred an error of 4.62 +/- 2.01%, while the post-process method reduced the lifespan curve error to approximately 2.24 +/- 0.55%.
[+]

Paraules clau

AnimalAnimalsAutomated pattern recognitionBehaviorC.-elegansCaenorhabditis elegansClassificationFeature-extractionGeneticsGood health and well-beingImage processingImage processing, computer-assistedLongevityModelMutantNormal distributionPattern recognition, automatedPhysiologyProceduresTracking

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Scientific Reports a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2020, es trobava a la posició 17/72, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Multidisciplinary Sciences.

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2026-04-05:

  • WoS: 12
  • Scopus: 13
  • Europe PMC: 11
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-05:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 35.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 35 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 2.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 2 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
  • Assignació d'un Handle/URN com a identificador dins del Dipòsit en el Repositori Institucional: http://hdl.handle.net/10251/176162
Seguint amb l'impacte social del treball, és important destacar el fet que, pel seu contingut, pot ser assignat a la línia d'interès de ODS 3 - Good health and well-being, amb una probabilitat del 0% segons l'algoritme mBERT desenvolupat per Aurora University.
[+]

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (Puchalt Rodríguez, Joan Carles) .

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat Sánchez Salmerón, Antonio José.

[+]

Reconeixements vinculats a l’ítem

This study was also supported by the CDTI agency of the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness with CIEN project SMARTFOODS, Universitat PolitAcnica de Valencia with Project 20170020-UPV, Plan Nacional de I + D with Project RTI2018-094312-B-I00 and by European FEDER funds. ADM Nutrition, Biopolis SL and Archer Daniels Midland provided support in the form of salaries for authors P. M. Guerola and S. G. Martinez.
[+]