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Altmetrics

Impacto en los Objetivos de Desarrollo Sostenible (ODS)

Investigadores/as Institucionales

Puchalt, JcAutor o CoautorSanchez-Salmerón, AjAutor (correspondencia)Ivorra, EAutor o Coautor

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30 de octubre de 2024
Publicaciones
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Artículo
Sí

Improving lifespan automation for Caenorhabditis elegans by using image processing and a post-processing adaptive data filter

Publicado en: Scientific Reports. 10 (1): 1-14 - 2020-01-01 10(1), DOI: 10.1038/s41598-020-65619-4

Autores:

Puchalt-Rodríguez, Joan Carles; Sánchez Salmerón, Antonio José; Ivorra Martínez, Eugenio; Genovés Martínez, Salvador; Martínez, Roberto; Martorell Guerola, Patricia
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Afiliaciones

Archer Daniels Midland, Biopolis SL, ADM Nutr, Cell Biol Lab - Autor o Coautor
Univ Politecn Valencia, Inst Automat & Informat Ind - Autor o Coautor

Resumen

Automated lifespan determination for C. elegans cultured in standard Petri dishes is challenging. Problems include occlusions of Petri dish edges, aggregation of worms, and accumulation of dirt (dust spots on lids) during assays, etc. This work presents a protocol for a lifespan assay, with two image-processing pipelines applied to different plate zones, and a new data post-processing method to solve the aforementioned problems. Specifically, certain steps in the culture protocol were taken to alleviate aggregation, occlusions, contamination, and condensation problems. This method is based on an active illumination system and facilitates automated image sequence analysis, does not need human threshold adjustments, and simplifies the techniques required to extract lifespan curves. In addition, two image-processing pipelines, applied to different plate zones, were employed for automated lifespan determination. The first image-processing pipeline was applied to a wall zone and used only pixel level information because worm size or shape features were unavailable in this zone. However, the second image-processing pipeline, applied to the plate centre, fused information at worm and pixel levels. Simple death event detection was used to automatically obtain lifespan curves from the image sequences that were captured once daily throughout the assay. Finally, a new post-processing method was applied to the extracted lifespan curves to filter errors. The experimental results showed that the errors in automated counting of live worms followed the Gaussian distribution with a mean of 2.91% and a standard deviation of +/- 12.73% per Petri plate. Post-processing reduced this error to 0.54 +/- 8.18% per plate. The automated survival curve incurred an error of 4.62 +/- 2.01%, while the post-process method reduced the lifespan curve error to approximately 2.24 +/- 0.55%.
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Palabras clave

AnimalAnimalsAutomated pattern recognitionBehaviorC.-elegansCaenorhabditis elegansClassificationFeature-extractionGeneticsGood health and well-beingImage processingImage processing, computer-assistedLongevityModelMutantNormal distributionPattern recognition, automatedPhysiologyProceduresTracking

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Scientific Reports debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 17/72, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Multidisciplinary Sciences.

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-02:

  • WoS: 12
  • Scopus: 13
  • Europe PMC: 11
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-02:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 35.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 34 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 2.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 2 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
  • Asignación de un Handle/URN como identificador dentro del Depósito en el Repositorio Institucional: http://hdl.handle.net/10251/176162
Siguiendo con el impacto social del trabajo, es importante enfatizar el hecho de que, por su contenido, puede ser asignado a la línea de interés del ODS 3 - Garantizar una vida sana y promover el bienestar para todos en todas las edades, con una probabilidad del 0% según el algoritmo mBERT desarrollado por Aurora University.
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Puchalt Rodríguez, Joan Carles) .

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Sánchez Salmerón, Antonio José.

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Reconocimientos ligados al ítem

This study was also supported by the CDTI agency of the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness with CIEN project SMARTFOODS, Universitat PolitAcnica de Valencia with Project 20170020-UPV, Plan Nacional de I + D with Project RTI2018-094312-B-I00 and by European FEDER funds. ADM Nutrition, Biopolis SL and Archer Daniels Midland provided support in the form of salaries for authors P. M. Guerola and S. G. Martinez.
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