{rfName}
A

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

11

Altmetrics

Anàlisi d'autories institucional

Jiménez-Serrano, SantiagoAutor o coautor

Compartir

3 dedesembre de 2024
Publicacions
>
Article
Sí

A Genomic Snapshot of the SARS-CoV-2 Pandemic in the Balearic Islands

Publicat a: Frontiers in Microbiology. 12 803827- - 2022-01-12 12(), DOI: 10.3389/fmicb.2021.803827

Autors:

Lopez-Causape, Carla; Fraile-Ribot, Pablo A; Jimenez-Serrano, Santiago; Cabot, Gabriel; del Barrio-Tofino, Ester; Prado, M Carmen; Linares, Juana Maria; Lopez, Aranzazu; Hurtado, Adoracion; Riera, Elena; Serra, Antoni; Rosello, Eva; Carbo, Lluis; Fernandez-Baca, M Victoria; Gallegos, Carmen; Saurina, Juan; Arteaga, Emilio; Salom, M Magdalena; Salva, Antonia; Nicolau, Antoni; Gonzalez-Candelas, Fernando; Comas, Inaki; Oliver, Antonio
[+]

Afiliacions

CIBER Enfermedades Infecciosas CIBERINFEC, Madrid, Spain - Autor o coautor
CIBER Epidemiol & Salud Publ CIBERESP, Madrid, Spain - Autor o coautor
Hosp Can Misses, Serv Microbiol, Ibiza, Spain - Autor o coautor
Hosp Comarcal Inca, Serv Microbiol, Inca, Spain - Autor o coautor
Hosp Manacor, Serv Microbiol, Manacor, Spain - Autor o coautor
Hosp Mateu Orfila, Serv Microbiol, Mahon, Spain - Autor o coautor
Hosp Univ Son Espases, Inst Invest Sanitaria Islas Baleares, Serv Microbiol, Palma De Mallorca, Spain - Autor o coautor
Hosp Univ Son Espases, Inst Invest Sanitaria Islas Baleares, Unidad Invest, Palma De Mallorca, Spain - Autor o coautor
Hosp Univ Son Llatzer, Serv Microbiol, Palma De Mallorca, Spain - Autor o coautor
Inst Biomed Valencia, Valencia, Spain - Autor o coautor
Serv Epidemiol Islas Baleares, Gabinete Tecn Asistencial, Palma De Mallorca, Spain - Autor o coautor
Serv Epidemiol Islas Baleares, Palma De Mallorca, Spain - Autor o coautor
Univ Valencia, Inst Biol Integrat Sistemas I2SysBIO, Unidad Mixta Invest Infecc & Salud Publ, FISABIO,CSIC UV, Valencia, Spain - Autor o coautor
Veure més

Resum

Objective: To analyze the SARS-CoV-2 genomic epidemiology in the Balearic Islands, a unique setting in which the course of the pandemic has been influenced by a complex interplay between insularity, severe social restrictions and tourism travels.Methods: Since the onset of the pandemic, more than 2,700 SARS-CoV-2 positive respiratory samples have been randomly selected and sequenced in the Balearic Islands. Genetic diversity of circulating variants was assessed by lineage assignment of consensus whole genome sequences with PANGOLIN and investigation of additional spike mutations.Results: Consensus sequences were assigned to 46 different PANGO lineages and 75% of genomes were classified within a VOC, VUI, or VUM variant according to the WHO definitions. Highest genetic diversity was documented in the island of Majorca (42 different lineages detected). Globally, lineages B.1.1.7 and B.1.617.2/AY.X were identified as the 2 major lineages circulating in the Balearic Islands during the pandemic, distantly followed by lineages B.1.177/B.1.177.X. However, in Ibiza/Formentera lineage distribution was slightly different and lineage B.1.221 was the third most prevalent. Temporal distribution analysis showed that B.1 and B.1.5 lineages dominated the first epidemic wave, lineage B.1.177 dominated the second and third, and lineage B.1.617.2 the fourth. Of note, lineage B.1.1.7 became the most prevalent circulating lineage during first half of 2021; however, it was not associated with an increased in COVID-19 cases likely due to severe social restrictions and limited travels. Additional spike mutations were rarely documented with the exception of mutation S:Q613H which has been detected in several genomes (n = 25) since July 2021.Conclusion: Virus evolution, mainly driven by the acquisition and selection of spike substitutions conferring biological advantages, social restrictions, and size population are apparently key factors for explaining the epidemic patterns registered in the Balearic Islands.
[+]

Paraules clau

Genomic epidemiologyGenomic evolutionSars-cov-2Spike mutationSpike mutationsVariants

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Frontiers in Microbiology a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència Scopus (SJR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2022, es trobava a la posició , aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Microbiology (Medical).

Independentment de l'impacte esperat determinat pel canal de difusió, és important destacar l'impacte real observat de la pròpia aportació.

Segons les diferents agències d'indexació, el nombre de citacions acumulades per aquesta publicació fins a la data 2026-04-05:

  • WoS: 3
  • Europe PMC: 4
[+]

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2026-04-05:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 12.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 12 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 15.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 20 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.
[+]