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Jiménez-Serrano, SantiagoAutor o Coautor

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3 de diciembre de 2024
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Artículo
Sí

A Genomic Snapshot of the SARS-CoV-2 Pandemic in the Balearic Islands

Publicado en: Frontiers in Microbiology. 12 803827- - 2022-01-12 12(), DOI: 10.3389/fmicb.2021.803827

Autores:

Lopez-Causape, Carla; Fraile-Ribot, Pablo A; Jimenez-Serrano, Santiago; Cabot, Gabriel; del Barrio-Tofino, Ester; Prado, M Carmen; Linares, Juana Maria; Lopez, Aranzazu; Hurtado, Adoracion; Riera, Elena; Serra, Antoni; Rosello, Eva; Carbo, Lluis; Fernandez-Baca, M Victoria; Gallegos, Carmen; Saurina, Juan; Arteaga, Emilio; Salom, M Magdalena; Salva, Antonia; Nicolau, Antoni; Gonzalez-Candelas, Fernando; Comas, Inaki; Oliver, Antonio
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Afiliaciones

CIBER Enfermedades Infecciosas CIBERINFEC, Madrid, Spain - Autor o Coautor
CIBER Epidemiol & Salud Publ CIBERESP, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Hosp Can Misses, Serv Microbiol, Ibiza, Spain - Autor o Coautor
Hosp Comarcal Inca, Serv Microbiol, Inca, Spain - Autor o Coautor
Hosp Manacor, Serv Microbiol, Manacor, Spain - Autor o Coautor
Hosp Mateu Orfila, Serv Microbiol, Mahon, Spain - Autor o Coautor
Hosp Univ Son Espases, Inst Invest Sanitaria Islas Baleares, Serv Microbiol, Palma De Mallorca, Spain - Autor o Coautor
Hosp Univ Son Espases, Inst Invest Sanitaria Islas Baleares, Unidad Invest, Palma De Mallorca, Spain - Autor o Coautor
Hosp Univ Son Llatzer, Serv Microbiol, Palma De Mallorca, Spain - Autor o Coautor
Inst Biomed Valencia, Valencia, Spain - Autor o Coautor
Serv Epidemiol Islas Baleares, Gabinete Tecn Asistencial, Palma De Mallorca, Spain - Autor o Coautor
Serv Epidemiol Islas Baleares, Palma De Mallorca, Spain - Autor o Coautor
Univ Valencia, Inst Biol Integrat Sistemas I2SysBIO, Unidad Mixta Invest Infecc & Salud Publ, FISABIO,CSIC UV, Valencia, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Objective: To analyze the SARS-CoV-2 genomic epidemiology in the Balearic Islands, a unique setting in which the course of the pandemic has been influenced by a complex interplay between insularity, severe social restrictions and tourism travels.Methods: Since the onset of the pandemic, more than 2,700 SARS-CoV-2 positive respiratory samples have been randomly selected and sequenced in the Balearic Islands. Genetic diversity of circulating variants was assessed by lineage assignment of consensus whole genome sequences with PANGOLIN and investigation of additional spike mutations.Results: Consensus sequences were assigned to 46 different PANGO lineages and 75% of genomes were classified within a VOC, VUI, or VUM variant according to the WHO definitions. Highest genetic diversity was documented in the island of Majorca (42 different lineages detected). Globally, lineages B.1.1.7 and B.1.617.2/AY.X were identified as the 2 major lineages circulating in the Balearic Islands during the pandemic, distantly followed by lineages B.1.177/B.1.177.X. However, in Ibiza/Formentera lineage distribution was slightly different and lineage B.1.221 was the third most prevalent. Temporal distribution analysis showed that B.1 and B.1.5 lineages dominated the first epidemic wave, lineage B.1.177 dominated the second and third, and lineage B.1.617.2 the fourth. Of note, lineage B.1.1.7 became the most prevalent circulating lineage during first half of 2021; however, it was not associated with an increased in COVID-19 cases likely due to severe social restrictions and limited travels. Additional spike mutations were rarely documented with the exception of mutation S:Q613H which has been detected in several genomes (n = 25) since July 2021.Conclusion: Virus evolution, mainly driven by the acquisition and selection of spike substitutions conferring biological advantages, social restrictions, and size population are apparently key factors for explaining the epidemic patterns registered in the Balearic Islands.
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Palabras clave

Genomic epidemiologyGenomic evolutionSars-cov-2Spike mutationSpike mutationsVariants

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Frontiers in Microbiology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia Scopus (SJR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2022, se encontraba en la posición , consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Microbiology (Medical).

Independientemente del impacto esperado determinado por el canal de difusión, es importante destacar el impacto real observado de la propia aportación.

Según las diferentes agencias de indexación, el número de citas acumuladas por esta publicación hasta la fecha 2026-04-06:

  • WoS: 3
  • Europe PMC: 4
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-06:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 12.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 12 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 15.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 20 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
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