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30 de octubre de 2024
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Whole-Genome Identification of APX and CAT Gene Families in Cultivated and Wild Soybeans and Their Regulatory Function in Plant Development and Stress Response

Publicado en: Antioxidants. 11 (8): 1626- - 2022-08-01 11(8), DOI: 10.3390/antiox11081626

Autores:

Aleem, M; Aleem, S; Sharif, I; Aleem, M; Shahzad, R; Khan, MI; Batool, A; Sarwar, G; Farooq, J; Iqbal, A; Jan, BL; Kaushik, P; Feng, XZ; Bhat, JA; Ahmad, P
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Afiliaciones

Ayub Agr Res Inst, Agr Biotechnol Res Inst - Autor o Coautor
Ayub Agr Res Inst, Cotton Res Stn - Autor o Coautor
Barani Agr Res Stn - Autor o Coautor
Chinese Acad Sci, Northeast Inst Geog & Agroecol, Key Lab Soybean Mol Design Breeding - Autor o Coautor
GDC, Dept Bot - Autor o Coautor
Jiangsu Univ, Int Genome Ctr, Zhenjiang 212013 - Autor o Coautor
King Saud Univ, Dept Clin Pharm, Coll Pharm - Autor o Coautor
Univ Agr Faisalabad, Ctr Adv Studies Agr & Food Secur CAS AFS - Autor o Coautor
Univ Agr Faisalabad, Dept Plant Breeding & Genet - Autor o Coautor
Univ Politecn Valencia, Inst Conservac & Mejora Agrodiversidad Valenciana - Autor o Coautor
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Resumen

Plants coevolved with their antioxidant defense systems, which detoxify and adjust levels of reactive oxygen species (ROS) under multiple plant stresses. We performed whole-genome identification of ascorbate peroxidase (APX) and catalase (CAT) families in cultivated and wild soybeans. In cultivated and wild soybean genomes, we identified 11 and 10 APX genes, respectively, whereas the numbers of identified CAT genes were four in each species. Comparative phylogenetic analysis revealed more homology among cultivated and wild soybeans relative to other legumes. Exon/intron structure, motif and synteny blocks are conserved in cultivated and wild species. According to the Ka/Ks value, purifying selection is a major force for evolution of these gene families in wild soybean; however, the APX gene family was evolved by both positive and purifying selection in cultivated soybean. Segmental duplication was a major factor involved in the expansion of APX and CAT genes. Expression patterns revealed that APX and CAT genes are differentially expressed across fourteen different soybean tissues under water deficit (WD), heat stress (HS) and combined drought plus heat stress (WD + HS). Altogether, the current study provides broad insights into these gene families in soybeans. Our results indicate that APX and CAT gene families modulate multiple stress response in soybeans.
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Palabras clave

Ascorbate peroxidaseCatalase genesCatalyzeDroughtExpression patternsGG. maxG. sojaLeaf senescenceLegumesMaxPredictionSelectionSequenceSojaToleranceTranscription factors

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Antioxidants debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2022, se encontraba en la posición 13/142, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Food Science & Technology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.18. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 13 Nov 2025)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Media Ponderada del Impacto Normalizado de la agencia Scopus: 1.16 (fuente consultada: FECYT Mar 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2026-04-02, el siguiente número de citas:

  • WoS: 14
  • Scopus: 14
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Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2026-04-02:

  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 21 (PlumX).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.
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Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: China; India; Pakistan; Saudi Arabia.

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